Inkluderingsadfærden af anthracen (ANT) i tre cyclodextriner (betacyclodextrin, hydroxypropyl betacyclodextrin ogsulfobutylbetacyklodextrin) er blevet undersøgt ved molekylær dynamik (MD) -simuleringer. MD -resultaterne viste, at ANT spontant kunne komme ind i hulrummet i disse tre cyclodextriner. Forskellen er, at når pakket med sulbutylbetacyclodextrin kun kan komme ind i hulrummet gennem den brede kant af sulbutylbetacyclodextrin. Derefter blev virkningerne af 2- hydroxypropyl (HP) og sulfoneret butyl (SBE) substituenter på strukturen af cyclodextriner undersøgt ved at analysere den strukturelle forvrængning af glukoseenheder af hver cyclodextrin.
Det blev fundet, at neutrale betacyclodextriner viste en konisk struktur, og tilstedeværelsen af HP- eller SBE -grupper påvirkede strukturen i høj grad. Den sekundære kant indsnævres på grund af flipping af glukoseenheden forårsaget af udsving i substituentgruppen. Da ANT blev inkluderet i hulrummet, blev hulrumskonformationen af de tre cyclodextriner gendannet til en vis grad. På samme tid strækker den substituerende gruppe sig langs hulrumsaksen og interagerer med gæstemolekylet.
Ved at analysere samspillet mellem hvert cyclodextrin og ANT blev det fundet, at de substituerende grupper udvidede volumenet af det hydrofobe hulrum. Både substituentgrupperne og glukoseenhederne bidrager til interaktionen med gæstemolekylet. Konformationelle ændringer i cyclodextrinringen fører til sammentrækning af hulrummet, hvilket kan give det mulighed for at binde tæt til ant -molekyler.
